Ondanks haar 'jeugdige' leeftijd heeft de Sint-Franciscuskerk een bewogen geschiedenis achter de rug. De minderbroeders-franciscanen richtten in 1955 de kerk op om dienst te doen als kloosterkerk. Veertig jaar later namen de paters echter afscheid van hun kerk. De laatste pater, Antoon Seurynck, bleef nog enkele jaren tweemaal per week de mis opdragen in de kerk.
Het gehele domein kreeg in 1997 een herverdeling. Het schooltje en de kerk kwamen in het bezit van de Sint-Catharinaparochie van Sinaai. Het bisdom Gent verzocht pastoor Patrick D'Haenens om de zondagsdienst te verzorgen. In 2007 verloor de kerk dan toch haar functie als wijkkerk. Op 23 september 2007 vond de laatste mis plaats. De kerk zou daarna drie jaar leegstaan.
In 2010 werd de kerk omgebouwd tot kantoorruimte voor een sociale instelling. Hierbij werd in de kerkruimte een modern kantoor gebouwd via het 'box-in-box' principe, zonder de buitengevel aan te tasten. In 2017 stopte het bint vzw en staat de kerk te koop.